È stato l'aereo dei maggiori assi dell'aviazione mondiale, da Erich Hartmann (il pilota da caccia di maggior successo in assoluto, con 352 aerei abbattuti) a Hans-Joachim Marseille, accreditato del più alto numero di vittorie aeree (158) sul fronte occidentale di cui 151 in Africa. È stato pilotato anche dai più grandi assi di altre forze aeree, come quella finlandese, ungherese, rumena e croata. Fu anche l'unico tipo di velivolo impiegato dal JG 52, il reparto aereo più vittorioso della storia dell'aviazione.
Nei libri e nelle riviste viene a volte chiamato anche Me 109, dalla contrazione del nome del costruttore. La sigla Bf indica invece il nome della fabbrica di produzione (Bayerische Flugzeugwerke AG) che nel luglio 1938 mutò il nome in Messerschmitt AG. Gli aerei progettati da allora in poi assunsero la denominazione Me, mentre quelli progettati in precedenza (comprese le varianti) continuarono a chiamarsi Bf.
Questo aereo era di per sé estremamente semplice: monoplano, monomotore, monoposto, carrello retrattile a carreggiata stretta, piani di coda convenzionali e dotati fino al modello E di montanti di sostegno, mentre il ruotino posteriore divenne retrattile solo nei modelli F e K.
Era progettato per essere facile da costruire e riparare, molto robusto, immune da vizi di pilotaggio quali instabilità o autorotazione, e nel modello E, necessitava di sole 4500 ore di lavoro per essere costruito, mentre nel modello G salivano a 6800. Questi tempi non tengono conto, ovviamente delle parti, come il motore, costruite fuori della ditta.
Il tettuccio era totalmente raccordato con la fusoliera e non consentiva una visibilità del tutto accettabile, specie all'indietro. Il Bf 109 non ebbe mai uno specchietto retrovisore come invece avevano i caccia angloamericani. Per quelli era consuetudine, talvolta persino in quelli col tettuccio a goccia.
Il motore DB 601 aveva un sistema a iniezione che manteneva un costante flusso di carburante anche in condizioni di accelerazioni G, permettendo ai piloti di interrompere il combattimento a piacere e di lanciarsi in picchiata più velocemente dei loro avversari su aerei con motori a carburatore. Il propulsore della Daimler era eccezionalmente compatto ed era apprezzata dai progettisti la possibilità di montare un cannone nel mozzo dell'elica, tra le bancate dei cilindri del motore. Inizialmente però mancarono armi abbastanza affidabili per usarla, a causa dei problemi di surriscaldamento generati dal motore all'arma stessa.
L'ala era monolongherone e di pianta trapezoidale ed ospitava le ruote quando ritratte. Il serbatoio si trovava alle spalle del pilota, con la capacità di 400 litri circa. Nel loro sforzo di ridurre il peso, gli ingegneri della Messerschmitt avevano posto i punti di attacco del carrello sulla fusoliera. Questo effettivamente risparmiava peso e inoltre facilitava la produzione e la manutenzione. Per esempio, era possibile cambiare un'ala intera ad un Bf 109 mentre questi poggiava sul carrello. D'altro canto rendeva le manovre in rullaggio estremamente impegnative, a causa della carreggiata estremamente ristretta. Ben 1500 aerei andarono perduti in incidenti di decollo e atterraggio, nel periodo dal 1939 al 1941.
L'armamento basico comprendeva un paio di mitragliatrici nel muso, talvolta altrettante nelle ali. In seguito vennero aggiunti cannoni, razzi, bombe nelle configurazioni possibili dalla stretta carreggiata del velivolo dovuta a quella che era una delle sue più grandi limitazioni: la disposizione del carrello con ritrazione esterna, che limitava per molti aspetti la sistemazione di armi e carburante dentro e sotto una cellula tanto piccola.
Le due mitragliatrici montate sulla fusoliera Rheinmetall Borsig MG 17 da 7,9 millimetri erano caricate ognuna con 500 colpi nella versione "D" e con 1000 colpi nella "E".